明朝

1411（永乐九年）到1433（宣德八年）年间，明朝大太监亦失哈曾先后十次率大规模船队经过黑瞎子岛。

清朝

1854年，清政府在岛东北角设立了乌苏里江口卡伦（边防哨卡）。它在中国的行政区划中，归黑龙江省抚远市管辖。

1858年5月28日(咸丰八年四月十六日)，沙俄强迫清政府签订《中俄瑷珲条约》，夺去黑龙江以北约63万平方公里土地。

1860年又强迫签订《北京条约》，约定中俄东段边界以黑龙江、乌苏里江为界，黑龙江以北、乌苏里江以东划归俄国，原住这一地区的中国人，仍准留住。这一条约又强行割占了中国领土40多万平方公里。共计割中国160万平方公里。

1884年拨归富克锦协领衙门派兵驻守。

1901年冯德禄、葛云山、德夫克（赫哲族）等15户人家上岛居住。

中华民国

1927年，抚远市居民朱瑞臣一家5口人搬到黑瞎子岛居住，养马两匹，种地若干。

1928年初，绥远县（现为抚远市）知事派人到黑瞎子岛调查，查明岛上住有中国民户30家，苏户17家，均以捕鱼割草为生，苏联在该岛无任何设备，只是苏方有时派兵前往巡视。

1929年，张学良为夺回沙俄在东北修筑的中东铁路路权，中国东北当局将中东铁路电报电话权收回，将苏联职员遣送回国，就此引发了中苏争夺中东铁路所有权的大规模武装冲突，史称“中东路事变”。“中东路事变”后，朱瑞臣等住户被迫陆续从黑瞎子岛上搬下来。

1929年9月6日下午1时，苏军向乌苏镇发动全面进攻，中国东北军第九旅42团2营7、8两个连的官兵在营副官国占奎的指挥下奋起反抗，战斗到傍晚，终因寡不敌众，乌苏镇失守，中国守军百余人全部阵亡。乌苏镇在苏军的炮火中变成一片废墟。

1929年9月29日，在武装冲突期间苏联军事占领了黑瞎子岛。战败当年12月20日，张学良派代表与苏方签订《伯力协定》。这是历史上中苏之间发生的规模最大的一场鲜为人知的“冲突”。结果是“中东铁路事件”回到了原点，即苏联人又重新“获得”了在中东铁路的“工作权”。但是，好端端的中国领土——黑瞎子岛，却从此成为苏联的囊中之物。

1931年9月18日（九一八事变）后，日本关东军与苏军沿边境对峙，黑瞎子岛成为苏军据守伯力的前沿阵地。

中华人民共和国

1954年开始中国渔民不能再上岛。

1964年2月23日，中苏两国开始就黑瞎子岛归属问题进行谈判。

1969年3月2日（珍宝岛事件）中苏交恶，苏联开始向岛上移民。

1999年10月，俄方修建了一座高28米的东正教堂，附近有一处小型直升机场，俄方在岛上建有两处高压电力线。

2001年7月，在银龙水道中部修筑一道锁坝，抛石护坡。在乌苏里江上诺沃村附近建有上岛舟桥，共有浮舟107个，全长800米，舟桥两端有固定桥墩，平时可通汽车。

2001年7月 中俄进行第四次谈判，签署《中俄睦邻友好合作条约》。

2004年10月14日，双方边界争议尘埃落定。中俄达成了关于黑瞎子岛的协议。根据中俄双方签署的《中华人民共和国和俄罗斯联邦关于中俄国界东段的补充协定》，俄罗斯将把占领的银龙岛的全部、黑瞎子岛的一部分领土，以及额尔古纳河上靠近内蒙古满洲里的阿巴该图洲渚的大部分领土，归还给中国。 中国收回半个黑瞎子岛的主权，获地171平方公里，当中第二大的岛屿银龙岛，因位处黑瞎岛之西北，故此全部归属中国。俄罗斯保留大乌苏里岛（黑瞎子岛）东半部分，包括有丘姆卡村和俄罗斯居民的别墅。俄方并已经开始拆除岛上的防御设施。但双方约定协定内容不公开，所以上述说法还未得到官方的正式证实。

2005年，俄罗斯国家杜马、俄罗斯联邦委员会和中国全国人民代表大会先后批准了上述协定，从而为黑瞎子岛乃至中俄边界问题的最终解决画上了句号。同年4月，俄罗斯政府批准了这个补充协定。而此前一个月，我国全国人民代表大会常务委员会也通过了关于批准《中华人民共和国和俄罗斯联邦关于中俄国界东段的补充协定》的决定。

2008年10月14日，中俄两国政府在黑瞎子岛上举行“中俄国界东段界桩揭幕仪式”，备受瞩目的黑瞎子岛，一半领土回归中国。黑瞎子岛西侧约171平方公里陆地及其所属水域正式划归中国。中俄两国达成共识，将把黑瞎子岛打造成为生态文明之岛、合作发展之岛、友好和谐之岛。至此，不仅黑瞎子岛的领土争议尘埃落定，中俄长达4300公里的边界也全部得到了确认。

早在上世纪70年代，苏联学者在黑瞎子岛东部地区，考古发掘了科尔萨科沃村西北五六公里沙丘上的墓地，共发掘墓葬366座，揭露比较完整的一处有关女真文化的埋葬遗存。出土器物三千余件，主要为陶器，还有铁器、青铜器、金器和银器等。科尔萨科沃墓地的北部和东北部发现一些女真文化的其他遗存，为一些供短期居住用的渔猎站遗址。

黑龙江省考古学者在岛上西部地区，发现有渤海时期文化陶片和金时期陶片等文化遗存。《新唐书》所记载唐时期的七部之一的黑水，主要活动在黑龙江中下游一带，黑瞎子岛上的文化陶器，应该是唐代的黑水靺鞨生活遗存。根据《金史》记载，金代北部边疆重镇“火鲁火疃”，距金上京（今哈尔滨市阿城区）以北约三千里，按照金代上京会宁府与蒲与路城之间准确道里推算，“火鲁火疃”当位于俄国勒拿河中上游流域，今雅库茨克一带。